동서문제연구원은 서구문화권의 정치, 경제, 인문, 사회 분야의 종합적인 학술연구 수행을 통해 국가발전에 기여하고자 1972년 연세대학교 교책연구원으로 설립되었습니다. 1980년대에는 동구권을 비롯한 사회주의국가들에 대한 연구를 활성화하였고 1990년대에는 연세대학교 대학원에 지역학협동과정을 개설하여 지역학 중심 연구를 강화하였습니다. 2000년대에는 정책개발 중심의 포럼과 행사를 통해 정부정책에 대한 실효성과 현실성있는 대안을 제시할 수 있는 연구들을 시행해왔습니다.

연구원 산하에는 장모네 EU센터를 비롯한 지역 연구센터가 있고, 주제별로는 해양문제, 에너지-인력자원개발 프로그램 등 8개의 연구센터가 있습니다. 연구원이 발간하는 정기간행학술지로는 SSCI 등재지인 Global Economic Review와 한국학술진흥재단 등재지인 <동서연구>가 있습니다.